Restriktionsenzymer - udvikling af RFLP analyse for brystkræft

Generelt om øvelsen.

Øvelsen restriktions enzymer -udvikling af RFLP analyse for brystkræft er en kort øvelse, der både kan indgå i et forløb om DNA analyser eller et forløb om kræft for Biotek A elever. Elevforudsætningen er generel viden om DNA, PCR og gelelektroforese, samt grundlæggende viden om restriktionsenzymer. 

I øvelsen skal  eleverne undersøge, hvordan man kan lave en RFLP analyse af en del af et  gen, der påvirker risikoen for at udvikle brystkræft. Der er tre alleler af genet, og elevens opgave er at finde det ene ud af tre restriktionsenzymer, der gør det muligt at skelne mellem alle tre alleler ved en efterfølgende gelelektroforese.

Først undersøger eleverne det manuelt ved at tjekke en papir sekvens, som de klipper over med saks, så de visuelt kan se, at der dannes 3 fragmenter. Derpå analyseres de tre alleler vha bioinformatik programmet Ugene, hvor eleverne skærer de tre alleler med restriktionsenzymerne AluI, AfaI og HpaII. De fundne fragmenter tegnes ind på en papir” gelelektroforese”, og de fundne mønstre kan nu sammenlignes. Hvis der er tre forskellige mønstre for de tre alleler kan restriktionsenzymet bruges til RFLP analysen. 

Forberedelse til øvelsen. Eleverne skal have installeret Ugene programmet i forvejen. Derudover skal der printes en DNA sekvens og et gelelektroforese papir til alle eleverne. Øvelsen tager ca. 30-45 minutter at lave.